Uzavretie medzery pre uskutočnenie hodnotenia rizika u Listeria monocytogenes v potravinách určených na priamy konzum (ready-to-eat , RTE): Aktivita 3, porovnanie izolátov z rôznych oddelení v potravinovom reťazci a od ľudí s použitím analýzy celogenómového sekvenovania (WGS)

28-02-2017

Daná správa predkladá výsledky projektu: „Doplnenie medzier pre uskutočnenie hodnotenia rizika u Listeria monocytogenes v potravinách určených na priamy konzum (ready-to-eat , RTE) : Aktivita 3, porovnanie izolátov z rôznych oddelení v potravinovom reťazci a od ľudí s použitím analýzy celogenómového sekvenovania (WGS)“. Hlavným cieľom bolo porovnanie izolátov Listeria monocytogenes zozbieraných v Európskej únií z potravín určených na priamy konzum, oddelení v potravinovom reťazci a z prípadov u ľudí s použitím WGS. Celkovo bolo pre štúdiu vybraných 1143 izolátov Listeria monocytogenes,  vrátane 333 ľudských klinických izolátov a 810 izolátov z potravinového reťazca. Izoláty predstavovali celé sekvenované genómy. Fylogenéza preukázala jednoznačné rozdelenie medzi líniami Listeria monocytogenes a klonovanými komplexmi v rámci línií. Na sekvenčných dátach bolo aplikovaných množstvo metód, čo poskytlo rámec pre zodpovedanie otázok ohľadne genetickej rôznorodosti a epidemiologických vzťahov. Retrospektívna analýza 9 ohnísk preukázala, že WGS je silný nástroj pri národnom a medzinárodnom vyšetrovaní ohnísk. Zdroje atribučných modelov preukázali hovädzí rezervoár ako hlavný zdroj nákazy ľudských ochorení, hoci iné zdroje taktiež prispeli a vo všeobecnosti boli intervaly spoľahlivosti vysoké.  Identifikované boli početné konzistentné genetické väzby medzi a priori neviazanými kmeňmi, niektoré z nich zahŕňali izoláty z rôznych krajín. Výskyt údajných markerov priraďujúcich potenciál  k prežitiu/namnoženiu sa v potravinovom reťazci alebo vyvolaniu ochorení u ľudí bol preskúmaný detekciou prítomnosti údajných virulentných génov, AMR génov a faktormi priraďujúcimi schopnosť zotrvávať v reťazci spracovania potravín.Táto štúdia demonštrovala jeden z hlavných prínosov WGS, čo predstavuje schopnosť riešiť celý rad otázok vrátane otázok týkajúcich sa virulencie, antimikrobiálnej rezistencie, priradenia zdrojov, vypuknutia, odhaľovania a vyšetrovania v jednom experimente.

Viac informácií nájdete na webovom sídle úradu EFSA na adrese: http://www.efsa.europa.eu/en/supporting/pub/1151e